Так как нынешние маны по обновлению сертификатов чуток неактуальны, напишу это.

Для Nginx — ман есть на сайте startssl, там все просто, и решается методом копипаста. А вот для жаббера надо делать так:

Сначала берем содержимое папочки "other server" и cat-им в один файл

типа

cat 2_*.crt ssl.key 1_*.crt > ejabberd.pem

Где ssl.key — это ваш распароленый приватный ключ. Потом пихаем это ejabberd и перезапускаемся. У меня заработало.