Потребовалось мне тут нарезать один flac-образ (не люблю хранить лозлесс в виде одного образа), который оказался не просто формата audio-CD, 44khz, а аудиофильским, 96Khz.

мой старый скриптик поплакал, что не может такое резать, но в итоге проблема решилась таким однострочником:

awk '/INDEX/{split($3,t,":"); printf t[1]":"t[2]":%03d\n",t[3]*1000/75;}' file.cue | \ 
shnsplit -o flac file.flac